我国农村环境问题的根源很多, 主要有人口压力过大、滥垦、滥牧、滥伐、滥采、滥用水资源、粗放式农业生产、畜禽养殖、农村生活污水乱排、城市污染向农村转移、乡村企业污染加剧及农民环境意识低下等因素。
1 人口压力过大，诱发并加剧环境问题
由于农村计划生育政策相对放松，及受传统观念的影响，农村人口持续呈增长趋势，相应的物质需求上升，超过环境承载力，造成生态破坏。土地生产力下降，继而扩大垦殖，放牧范围等，土地超载，造成恶性循环。
2 “五滥”是生态破坏的直接因素
由于环境主权不明确，农民不能从长远的角度思考问题，也不明白生态平衡的道理，只顾眼前利益，争抢式掠夺资源。滥伐、滥牧、滥垦、滥采、滥用水资源。造成水土流失，土壤肥力下降，沙漠化等问题，造成公有地悲剧。
3 粗放式农业生产导致农村面源污染
农民文化程度偏低，耕作缺乏科学指导，过度使用化肥，污染周围水体，氮、磷等元素含量超标，造成水体富营养化。我国是农药生产和使用大国，农药是造成面源污染的另一主要原因。长期、大量和不合理使用农药导致土壤、地表水、地下水和农产品污染。由于生物富集和生物放大作用，对人的生命安全造成威胁。
4 养殖产业粪便零处理，环保监管空缺
畜禽养殖、农村生活污水已成重要污染源。几乎每个大城市周边都有许多养鸡场和养猪场,排放大量粪便与有机废水，是工业固体废物排放量的许多倍，只有少量的牲畜排泄物在排入水体前处理过。目前对养殖业排放粪便、污水不征收排污费，缺乏相应的监管措施。
5 农村生活污水、垃圾乱排，多源多汇
随着经济的发展,多数农民富裕起来，他们盖新房，搬迁到城郊区，或交通便利的公路两侧。农村人口居住由分散趋向集中生活，污水和垃圾对环境造成的影响也逐渐凸显起来。由于缺少污水处理设施，不少村镇的生活污水都是直接排入河流，或随地泼洒。对生活垃圾跟没有相应的回收处理措施，家门口往往就是一个垃圾堆，路边和河沿也是堆放垃圾的主要场所，仅有的治理措施，就是焚烧，干湿不分，类别不分。农村污染较之城市更加严重。
6 污染企业向农村转移，加剧农村环境污染
城市污染向农村转移,乡村企业污染加剧。城市工业生产的“三废”和市民生活产生的废物,未经妥善处理排入大自然,污水通过河流广泛渗流到农村。村民用污水进行灌溉，对土壤造成污染。政府将许多能耗大、污染重的化工、造纸等企业转移到农村，一些企业因为农村监管薄弱，地租便宜，利用农民致富心切的心理纷纷下乡，将污染源带到农村。由于缺乏环境综合治理规划，乡镇企业布局不合理，污染无法集中处理。
7 农民环保意识低下
环境教育严重滞后,农民环境意识普遍低下，据研究, 超过1/3的农民不知道农药对人体和环境是有害的, 有 65% 的农民不了解虫害天敌或病虫害综合防治等概念, 84% 的农民会超过规定标准剂量用药 农民受长期生活习惯的影响, 至今还砍伐林木作炊事燃料。此外, 农民环境保护法制观念薄弱也是造成农村生态环境恶化的重要因素。
